评估论文查重合格率的方法有多种，其中一种常用的方法是利用查重软件进行比对。首先，将待评估的论文与已知文献进行比对，查看是否存在相似内容。其次，可以通过调整查重软件的设置，设置查重阈值，以确定何种程度的相似度可以被接受。另外，还可以借助专业机构或专家进行评估，他们会根据经验和标准对论文查重结果进行评定。

另外一种评估论文查重合格率的方法是通过人工抽查。这种方法通常会选取一定比例的样本进行抽查，检查论文中是否存在抄袭或抄袭程度。通过人工抽查可以更加全面地了解论文的原创性和合格率。此外，还可以结合其他评估方法，如引用分析、文献调查等，综合评估论文的查重合格率。