知网查重第二次查重的流程包括：首先登录知网查重系统，选择需要查重的文档，上传文档并进行查重，系统会生成查重报告，然后根据报告内容进行修改，再次上传文档进行第二次查重，直至满意为止。

在进行知网查重第二次查重时，建议在第一次查重报告的基础上，重点关注重复率较高的部分，进行修改和调整，以确保最终的查重结果符合要求。同时，注意文献引用的规范性和准确性，避免误判和不必要的重复。